A alergias ao chocolate são possíveis mesmo que sejam rares. O fenômeno alérgico, neste caso, vem das proteínas do cacau. A pessoa alérgica que o consome passa a ter dificuldade em respirar, dores de cabeça, erupções cutâneas, taquicardia, coceira e sensação de queimação no estômago.

Esses sintomas também podem ser observados em pessoas que são alérgicas aos elementos que compõem o chocolate (nozes, proteínas do leite, etc..), embora não sejam realmente alérgicos ao cacau em si.