Muitos cogumelos têm propriedades medicinais. Por exemplo, no antigo nosso país, o congelamento foi tratado com um extrato de cogumelos porcini. Os mesmos fungos acabaram sendo capazes de bloquear o desenvolvimento de neoplasias malignas. A capa de chuva tem se mostrado um excelente agente hemostático e antisséptico para cortes e sangramentos. A esponja de lariço alivia a condição do paciente durante um ataque de asma e com icterícia, chanterelles e alguns tipos de russula inibem a reprodução de estafilococos. E os cogumelos afirmam ser um antibiótico natural, assim como os champignons, que resistem a vários tipos de infecções respiratórias e intestinais. Eles, como os cogumelos ostra, estimulam o sistema imunológico e melhoram o metabolismo lipídico.
Certos tipos de óleo contêm uma substância que alivia dores de cabeça. Além disso, são recomendados para uso em ataques de gota, mas o exótico cogumelo shiitake do Extremo Oriente ganhou fama como um excelente imunomodulador. É por isso que pode ser comprado não apenas no supermercado (cru), mas também na farmácia (na forma de medicamentos). Na China e no Japão, esses cogumelos são valorizados por sua capacidade de aumentar a potência (devido ao alto teor de zinco). No entanto, as pessoas que sofrem de gota e urolitíase não devem se deixar levar pelos cogumelos (especialmente champignon e porcini), pois podem provocar uma exacerbação dessas doenças.